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La historia de Rota como ciudad se empieza a escribir en la época de los tartessos, cuando acuñó el nombre de Astaroth. Desde entonces hasta nuestros días son muchos los cambios que se han venido produciendo en la ciudad, entre ellos el de su propio nombre, pasando por varios puntos hasta Rota.

Los primeros síntomas de vida en la zona se remontan a la Prehistoria, en concreto a la Edad de Cobre, momento en el que se datan unas ruinas encontradas en la zona, esta villa debió ser fundada por los fenicios, los mismos que fundaron Cádiz, fue entonces cuando se le bautizó como Astaroth, que significa Puerto de Asta, Asta Regia fue una ciudad tartessa.

Durante la época romana, se baraja la posibilidad de que la ciudad pasara a denominarse Oleastrum, que significa Rompeolas, tal vez por las rocas que encontramos en la Bahía en las cercanías de la ciudad que dificultaron la navegación, posteriormente se llamó Speculum Rotae, Rabita Rutta, Rotta fueron otras denominaciones.

Los árabes fueron los que la denominaron Rabita Rutta, aunque los mísmos musulmanes pasaron a denominarla simplemente Rutta. Fue en esta época cuando comienzan a levantarse las primeras fortalezas, Rota se convirtió en un lugar de peregrinaje donde llegaban nómadas llegados de otros puntos más lejanos. Tras la toma de Cádiz en el Siglo XIII, en Rota tiene lugar una sublevación mudéjar, en ese momento asesinan a todas las tropas cristianas de la zona, pero en 1264, una vez tomada Jerez, todos los mudéjares fueron expulsados.
En 1285, bajo el reinado de Sancho IV la ciudad pasó de llamarse Rotta a su denominación actual, Rota. En 1295 la ciudad es entregada a Alonso Pérez de Guzmán, victorioso en Tarifa, y construye el Castillo de Luna en 1295. En el Siglo XIV la villa pasa a formar parte de Pedro Ponce de Leon.

En el Siglo XV el Puerto de Rota crece y se convierte en uno de los puertos comerciales más importantes en su relación con el norte de África, pero en el Siglo XVI llega el primer gran acontecimiento que paraliza el avance de la ciudad, la peste, una enfermedad que unida a los ataques berberiscos debilitan la ciudad, un estado que se prolongó con otra epidemia, esta vez de peste que estuvo acompañada con malas cosechas, lo que provocó que en 1687, el monarca Carlos II condonara impuestos a la zona.

En el Siglo XVIII la ciudad es invadida por los anglo-holandeses durante la guerra de la secesión. En el Siglo XIX la fiebre amarilla y la invasión napoleónica debilitaron algo la zona, pero se recuperó rápido, y en 1873 Rota se declara cantón independiente.

Ya en el Siglo XX debemos destacar el año 1955, cuando se instaló la base naval, algo que provocó el abandono de medios tradicionales de subsistencia como la pesca y la agricultura, esta situación se sigue repitiendo, con la diferencia que no es la base naval a día de hoy el motor de la zona, sino el turismo.