I primi indizi di civiltá a Rota risalgono alla Preistoria, almeno secondo la datazione di alcuni ritrovamenti.

La cittá in sé pare sia stata fondata dai fenici che fondarono Cadice, e che furono essi stessi a battezzarla come Astaroth.
Astaroth significa Porto di Asta in onore delle cittá di Asta Regia, una grande ed importante cittá tartessa.

Durante l' epoca romana la cittá fu conosciuta come Oleastrum, poi con diversi altri nomi: Speculu, Rotae, Rabita Rutta, Rotta...

Gli arabi furono coloro che la denominarono Rabita Rutta e fu proprio durante questo periodo che cominciarono a costruirsi fortezze e costruzioni militari.
Dopo la presa di Cadice, durante il XIII secolo, Rota é teatro di una rivolta "mudejar" in cui vengono assassinate le truppe cristiane.
Nel 1264 gli arabi vennero peró cacciati da queste terra e sooto il regno di Sancho IV, Rotta passó a chiamarsi semplicemente Rota.
Nel 1295 la cittá é consengata ad Alonso Perez de Guzman, vincitore della battaglia di Tarifa.
In questo stesso anno si costruisce il Castello di Luna.

Nel XV secolo il porto di Rota si converte in uno dei porti commerciali piú importante per le rotte tra l' Europa e l' Africa del Nord e tutta la cittá sembra intraprendere un facile cammino di sviluppo e prosperitá economica.
A rovinare la festa ci pensó un' epidemia di peste che debilitó notevolmente la cittá.

Nel XVIII secolo Rota venne invasa da truppe anglo-olandesi durante la Guerra di Secessione.
Nel XIX secolo un' altra epidemia, questa volta di febbre gialla, e l' invasione napoleonica debilitarono nuovamente Rota, che peró seppe riprendersi rapidamente.

Nel 1955 si installó qui a Rota la Base Navale, che fino a pochi anni fa era il fulcro dell' economia cittadina, oggi sostituito dal turismo.